Sayfalar

LSTM etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
LSTM etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster

Cumartesi, Temmuz 07, 2018

EKG Kalp Atışı Sınıflandırması 5

Derin Öğrenme

Evet son olarak günümüzün en popüler ve en güçlü yapay öğrenme metodu olan derin öğrenmeye geldi sıra. Malumunuz biz keras kütüphanesini kullanıyoruz. Bu problemi çözmek için 3 tane ağ tasarladık.  Hepsi için ortak kullanıdğımız parameterler şöyle
  • batch_size :  128
  • epochs :  120
  • optimizer :  adam

 Dense ;

İlki klasik yapay sinir ağı diyebileceğimiz, keras daki "Dense" katmanlarıyla oluşturulmuş bir ağ. Sklearn deki MLP nin benzeri bir çözüm diyebiliriz. Farklılığına gelirsek burda biz bunu keras kütüphanesini kullanarak uyguladık, ve 'Dropout' denen katmanlarda ilave ettik.


Eğitim grafiğimiz


Sonucumuz
  Classification Report
             precision    recall  f1-score   support

          N      0.983     0.995     0.989     18118
          S      0.916     0.664     0.770       556
          V      0.951     0.941     0.946      1448
          F      0.911     0.698     0.790       162
          Q      0.986     0.978     0.982      1608

avg / total      0.979     0.980     0.979     21892

Conv1D;

İkinci olarak Tek boyutlu evrişim katmanlarının kullanıldığı VGG tipi bir ağ tasarladık. Kısaca iki evrişim katmanı sonrasında boyut küçültme - bakınız pooling -  şeklinde tarif edilebilecek bir yapı.
Ağ yapımız böyle



Eğitim Grafiğimiz



 Sonucumuz
 Classification Report
             precision    recall  f1-score   support

          N      0.990     0.996     0.993     18118
          S      0.895     0.809     0.850       556
          V      0.971     0.950     0.960      1448
          F      0.826     0.735     0.778       162
          Q      0.998     0.986     0.992      1608

avg / total      0.985     0.986     0.986     21892

LSTM;

Son olarak Özyinelemeli Sinir Ağları - RNN - denen ağ yapısının en bilinen tipi olan LSTM  kullanıldı.  Bu tip ağlarda vectörel biri giriş değil, zaman da değişen değerler öğrenilir. Dizilimden bir sonuca ulaşma tipine "many to one"  diyorlar.

The Unreasonable Effectiveness of Recurrent Neural Networks
 Andrej Karpathy nin yukardaki yazısından detaylara ulaşabilirsiniz. Konuyu dağıtmadan devam edelim

Ağ yapımız şöyle



Eğitim Grafiğimiz



Sonucumuz
 Classification Report
             precision    recall  f1-score   support

          N      0.986     0.997     0.991     18118
          S      0.915     0.755     0.828       556
          V      0.964     0.938     0.951      1448
          F      0.813     0.673     0.736       162
          Q      0.996     0.980     0.988      1608

avg / total      0.982     0.983     0.982     21892

Sonuçlar hakkındaki görüşlerimizi bir sonraki yazıya bırakıyoruz. Sadece bu yazımıza kadar denediğimiz metodlardan en başarılısı evrişimli yapay sinir ağını uyguladığımız oldu deyip bitiriyoruz. Her türlü görüş ve önerilerinizi bekleriz.

Pazartesi, Nisan 02, 2018

Kelime Kök Ayırıcı



Artık Yapay Sinir Ağları Doğal Dil İşleme  ( NLP )  alanında da kendini gösteriyor. Yoğun olarak derin öğrenme algoritmalarının kullanıldığı yeni çözümler boy gösteriyor.
Yabancı kaynaklarda  Doğal Dil İşleme ile ilgilendiğinizde elinizdeki metin verisinin  temel temizleme yaklaşımı şu şekildedir.
  1. Kelimleri  ayır
  2. Kelimelrin kökünü bul  - stem -
  3. Anlama etki etmeyen genel kelimeleri at  - stop words -
Bu şekilde bir temizleme ile yapılmak istenen şey  Anlamı bozmadan Kelime sayısını azaltmaktır.  Böyle temizleme faliyetine girişmeksizin yapılan bir modellemede kelime sayısının astronomik boyutlara fırlamasına ve modelin çok kompleksleşip, öğrenememesine sebep olabiliyor.

İngilizce gibi bir dilde kök bulmanın genellikle pek bir ters etkisi olmuyor  Fakat,  Türkçede yapısı gereği sondan eklerle bazen fazlasıyla anlam değişikliği oluyor. Bu yüzden yapılacak çalışmada buna dikkat etmek gerekiyor.

bir örnek verelim

gözüm ağrıyordu. göz doktoruna gitttim.  gözlük numaram değişmiş. 
gözlüğümün çerçeveside eskimişti.  gözlükçüye gidince,  yeni bir gözlük çerçevesi de aldım.

göz, gözüm ,gözlük,, gözlüğümün gözlükçüye, gözlük ... diye geçen kelimelrin hepsinin köküne göz demek anlamı bozar.
gözüm => göz
gözlüğümün => gözlük
gözlükçüye => gözlükçü
daha doğru bir yaklaşım gibi. Elbette bir anlam kaybı var ama nispeten daha doğru gibi geliyor bana. Elbette farklı anlamlı , yazılışlı aynı kelimeler için  bir çözüm değil bu.
 
Ortada çözümü olmayan genel bir optimizasyon problemi var. Eğer sadece kökü kullansanız, bazı anlamları kaybetme ,htimaliniz var. Tamamını kullandığınızda kelime sayınız astronomik sayılar çıkıyor.

Kelime vektörleri bu işi çözmezmi  ? ,  Kelime vectörleri dediğimiz sistemde Kelimeler sabit uzunlukta vektörler olarak ifade ediliyor.  Temelindeki  fikir şudur. Aynı anlamı ifade eden kelimeler aynı bağlamda - context - de kullanılır. Büyük derlemde - corpus  - kelimeler birlikte kullanıldıkları kelimelere göre optimize edilerek her birisi için sabit bir vektöre ulaşılıyor. Yakın anlamlı kelimeler kelime vektör uzayında bir birine yakın konumlarda oluyorlar.  Burda şöyle bir problem var her kelimenin her türlü ekiyle birlikte yeterli miktarda kullanım metnin olması pek mümkün değil.

Çok sıkıcı bir girizgah oldu kusuruma bakmayınız.  Ama sebebi var.
Bizim bir çalışmamız oldu. Kök bulma işlemini seq2seq bir modele öğretmeye çalıştık. Sağolsun Ahmet Aksoy beyin yayınladığı bir veriyi kullanarak eğittik. Bu haliyle bırakmadık Yavuz Kömeçoğlu kardeş bu model için etkileşimli bir web sayfası hazırladı.

nlp-kokbulma.herokuapp.com/

Şimdiki haliyle kullanıcının vereceği kelime için model çalıştırıp bir cevap dönüyor. Kullanıcı Cevabın doğru yada yanlış olup olmadığını ve  doğrusunu bildirebiliyor.

* Bu projenin özelliği ne peki. Yukardaki girizgahdan anlayabileceğiniz gibi çok zor bir  problemi çözdük  gibi bir iddiamız yok. Bu projenin ana özelliği klasik yaklaşımın dışında bir çözüm getirmesi
Klasik yaklaşımda şöyle olursa nasıl yaparım böyle olursa nasıl yaparım diye kurlallar silsilesi kurgulamanız lazım.  Hatta karşımıza kurguladığımız hiç bir kurala uymayan bir kelime çıkarsa.
 if kelime BU ise kök ŞU dur.  
demek zorunda kalıyorsunuz.

Modern yaklaşımlarda Olabildiğince çok veri bularak , Bir birini takip eden bir yapının diziliminden örüntüler çıkarıp istenen sonuca ulaşılmaya çalışılır. Biz bu projede bunu yapmaya çalıştık. Verimizi sağlıklı bir şekilde büyütebilirsek, modelin  başarısı artacağını umuyoruz.

* Bir başka büyük özelliği etkileşimli bir şekilde sunuluyor olması.  Günümüzde Türkçede Doğal Dil İşleme üzerine çalışma yapacak kişin, ilk toslayacağı duvar, elde hazırda verinin olmayışıdır. Sağ olsunlar Yıldız Üniversitesinden Kemik gurubunun yıllar önce yaptıkları dışında açık şekilde ulaşılabilir bir veri malesef yok. Bu çalışmayla gönüllülerin girdiği yeni kelimeler ve düzeltmelerle çok daha geniş bir verisetine ulaşabilme imkanını sunuyor.

Bu proje bir rol model olarak düşünülüp çok daha kompleks DDİ ( NLP ) problemleri için çözüm ve veriseti toplama sistemleri düşünülebilir.

Elbette bunu özel sektörde çalışan ben ve Master tezini vermeye uğraşan Yavuz tek başımıza yapamayız. Kullananlar olması lazım. Kullanıcaların yazdıklarının toparlanıp ayıklanması lazım. Sistemin yeniden eğitilmesi lazım. Epey bir emek gerekiyor.  Hatta bence bu bu tip bir proje ve elbette daha gelişmişleri, Akademik olarak sahiplenilmesi gereken projelerden.  Biz projeyi çalıştırdık. Kodumuzuda deeplearningturkiye  gurubunun github hesabında  yayınladık

github.com/deeplearningturkiye/kelime_kok_ayirici

Bundan sonra Proje sahiplerini bekliyor.

Derin Öğrenme Kısmı:


Gelelim işin teknik kısmına Modelimiz Seq2Seq denen yapıda bir ağ.  Keras kullanıldı. Kelimeler harf bazlı kodlandı. Harf çeşit sayımız 34. Yani bir harfi 34 uzunluğunda vektör olarak kodluyoruz. Maksimum kelime uzunluğu eldeki veri setine göre 22 olarak belirlendi.
RNN ağ katmanı veriyi zaman bazında istiyor. Bizim durumumuzda kelime uzunluğu 22 olduğundan
22 seferde  34 uzunluklu vektörler. Ağın çıkışıda  aynı şekilde kodlanmış olarak sadece Kök kımı üretiliyor.

Ağın genel yapısına bakalım


çok sade bir çoklu girişden çoklu çıkış -seq2seq-  üreten RNN li bir model . Fazladan diyebileceğimiz  sadece başta Dikkat - Attention - kısmı var. Giriş deki verilerin önem derecesini öğrenmesi için bir YSA katmanı yerleştiriyoruz ve katmanın çıkışını veri için bir önek katsayısı olarak kullanıyoruz.

Modeli sade tuttuk çünkü eğitim eğrisi gayet güzel test verisi başarısıda epey yüksek.



Elbette Verilerin çoğalması ile Modelede ilaveler gerekebilir. Kodda kerasın çeşitli callback fonksiyonları kullanıldı. Onlardanda bahsedelim.

  • EarlyStopping : Eğitim esnasında takip ettiğiniz  değerde belirleyeceğiniz adım -epoch - boyunca iyileşme yoksa eğitim veridiğiniz adım sayısından önce durduruluyor. Bizim kodumuzda 9 adım boyunca test verisi başarımında bir iyileşme olmuyorsa duryor.
  • ReduceLROnPlateau : Eğitim esnasında takip ettiğiniz  değerde belirleyeceğiniz adım -epoch - boyunca iyileşme yoksa Öğrenme hızını sizin belirleyeceğiniz bir katsayıyla çarparak küçültüyor. Bizim kodumuzda 2 adım boyunca test verisi başarımında bir iyileşme olmuyorsa Öğrenme hızı 0.5 çarpılarak yarıya indiriliyor.
  • ModelCheckpoint : Eğitim esnasında her adım sonunda belirleyeceğiniz şartlara göre modelin komple yada sadece ağırlıklarının kaydedilmesi işini yapar. Bizim kodumuzda test verisi başarım değerinde bir yükselme olmuşsa kaydediyor.
  • CSVLogger : Eğitim esnasında her adım sonunda , hem eğitim hem test verisi için , Hata değeri - loss - başarım değeri - acc - . Ve  öğrenme hızı - learning rate -  değerlerini kaydeder.

Bizim anlatacaklarımız bu kadar. Bayda uzamız buraya kadar sabırla okuğunuz için teşekkürler . Her türlü görüş ve önerilerinizi bekleriz.

Cuma, Mart 03, 2017

Keras'a Giriş - 2 ( LSTM )

Ocak ayında ilk yazısını yayınladığımız  Keras 'a  Giriş  dizisine devam ediyoruz.

İlk yazımızda Kerasın kurulumunu, ve  ana kullanım fonksiyonlarını anlatmıştık.  Hali hazırda Kerasın içinde pek çok değişik katman bulunmaktadır. Katmanlarla ilgili kısımı okuyarak bunlara aşina olabilirsiniz. Katmanları bir birine ekleyerek kendi probleminize göre envai çeşit yapıyı tasarlayabilirsiniz.

Biz bu yazımızda Keras üzerinde  LSTM ile zaman serisi tahmini yapan bir uygulama geliştireceğiz.

LSTM nedir ?

Büyük soru, başta kendim olmak üzere kafamızı çok karıştırmadan mümkün mertebe sade anlatmaya çalışalım.

Açıklamaya RNN yani Recurrent Neural Networks  ile başlamamız gerekiyor. Tarihi çok eskilere giden bir YSA yapısı. Aslında anlaması çok da kolay.



YSA yapımızda verdiğimiz verilerin saklı katmandan ürettiği çıktış sinyalini başa alıp bir sonraki giriş de giriş değerlerinden biri olarak kullanıyoruz.

Bu ne işimize yarıyor diye soracak olursanız pek çok durumda verilerimiz de bir sıralılık bağlantısı vardır. sadece girdiklerimiz değil bir önceki durumda çıkışa etki ediyordur. Bu tip Sıralılık örüntüsü  - Sequence pattern - içeren durumlar için bu tip YSA yapıları daha başarılı bir modelleme imkanı sağlamaktadır.

Peki yıllardır bilinen bu yapı niye populer olamamış ?  Bu sorunun cevabı olarak meşhuuur  Vanishing gradient problem çıkıyor karşımıza. YSA eğitiminde giriş verileriyle çıkış değerleri hesaplanır. Hesaplanmış çıkış değerleri ile gerçek değerler karşılaştırılır ve farklılık bize bir  meyil  - gradient - Bu meyile göre geriye doğru ağ ağırlık değerlerinde güncelleme yapılır. Ağımız çok karmaşıksa geriye doğru meyil değerleri sıfırlanır. Meyil olmazsada güncelleme olmaz ve eğitilmeside durmuş olur. RNN yapısında da zaman içinde geriye doğru bağlılık var. Ağımızı eğitim açısında çok karmaşık hale getiriryor.


Bu problemin çözümü için LSTM - Long short-term memory - denen bir yapı kurulmuş.


Yukardaki akıllara ziyan  şemadan da anlaşılacağı üzere çok kompleks bir sistem. Yapıda kabaca RNN hücresine birde hafıza eşlik ediyor. Bu hafıza ile bir önceki zamandan gelen bilgi alınabiliyor , bir sonrakine iletilebiliyor. Neyi alıp neyi almayacağına eğitim ile karar veriyor. Konunun teferruatları için, Ve illede iç yüzünü öğreneceğim diyenler için bir kaç link verip geçiyorum

1)  Deep Learning Lecture 12: Recurrent Neural Nets and LSTMs
2) Understanding LSTM Networks
3) The Unreasonable Effectiveness of Recurrent Neural Networks

Keras da RNN katmanlar 

Hali hazırda Keras kütüphanesinde 3 çeşit  RNN katmanı var.
  1. SimpleRNN
  2. LSTM
  3. GRU
ilki zaten adından anlaşılıyor. LSTM den yukarda bahsettik . sonuncusu GRU - Gated Recurrent Unit - daha LSTM benzeri yeni bir sistem

Biz LSTM i kullanacağız. ondan bahsedelim

LSTM ler  genel anlamda sequence zaman sıralı şekilde gelen veriler üzerinden çalışırlar.

keras.layers.recurrent.LSTM(output_dim,
                                              batch_input_shape=(nb_samples, timesteps, input_dim),
                                              return_sequences=False,....)
eğer LSTM ilk katmansa batch_input_shape  verilmesi gerekiyor ve dökümanda geçen şekli
  
  • nb_samples : veri sayımız, None diyede  verebiliyoruz. 
  • timesteps :  LSTM e vereceğimiz veriler zaman bazında değişen aynı türdeki veriler  kaç birim zamanlık veri verilecek burda onu belirtmemiz gerekiyror 
  • input_dim :  giriş verimizin boyutu. 
  • return_sequences Kendinden sonraki katman Yine Bir LSTM olacaksa True  yapılacak
  • output_dimKatman çıkış boyutu ve LSTM birim sayısı.  Ağın çıkışı , eğer kendinden sonraki katman Yine Bir LSTM olacaksa  (nb_samples, timesteps, output_dim)  , olmayacaksa  (nb_samples, , output_dim) olur.
Şimdi biraz burda durup, input_dim giriş veri boyutuna biraz açıklık getirelim.  Sequence üzerinden çalışan bir sistem. Bizim bugün anlatacağımız önnekdeki gibi tek bir sayısal değerin değişimi var ise  giriş veri boyutu bir dir. Fakat pek ala zaman içinde değişien bir vektör de modellenebilir. budurumda vektörün uzunluğu giriş boyutumuz olur. Mesela bir metin üzerinde çalıştığımızı varsayın. biri birini takip eden harfler de bir sequence olur. Harfi bir vektöre çevirmek gerekir. vektör uzunluğuda metindeki alfabe büyüklüğü olur.

Olmaz ama soran olursa diye buraya yazayım peşin peşin, pek çok değişik kaynakda pek çok değişik notasyon var. Kullanımında benim tercihim bu şekilde oldu.

Uygulama

Keras da LSTM uygulamamız için bir zaman serisi verisi seçtik.

Daily maximum temperatures in Melbourne, Australia, 1981-1990

Avusturalya Melbornda 10 yıllık bir sürede ( 1981-1990 )  günlük olarak ölçülmüş en yüksek sıcaklıkları gösteriyor.

Yukardaki grafikden de anlaşılacağı üzre oldukça gürültülü bir sin fonksiyonu 

Bizde son 5 günün en sıcaklık değerlerini kullanarak yarınki en yüksek sıcaklık değerini hesaplattırmaya çalışacağız. uygulamızda

önce verimizi pandas ile  yüklüyoruz



tarih ve en yükseklik sıcaklığı tutan iki sutun var tarih bize lazım değil sadece en yüksek sıcaklık değerleriniz çekiyoruz.

YSA eğitimlerinde verileri ölçeklendirmek genellikle faydalı olur. bizde  ( 0 , 1 ) arası bir ölçeklendirme işlemi uyguluyoruz.

Bu veri üzerinde kayan pencere metoduyla ağımızı eğitmek için  veris seti oluşturuyoruz

Önce giriş ve çıkış verilerimizi oluşturuyoruz X ve Y olarak


ilk kutuda kayan pencere metoduyla  giriş ve çıkışları seçip X ve Y adında iki listeye atıyoruz.
ikinci  kutuda  listeleri Martise dönüştürüyoruz.
Üçüncü kutuda giriş verimizi LSTM in istediği formata çevrimek için bir dönüşüm yapıyoruz
çünkü öncesinde giriş matris ebadı  (nb_samples, timesteps) şeklinde bir giriş veri boyutunu 1 olarak verip (nb_samples, timesteps , 1 ) ebadına dönüştürüyoruz.

3645 adet verimiz var. Biz 3200 'ünü eğitim için kullanıyoruz geri kalanınıda test için bırakıyoruz.


Evet sıra geldi Ağımızı oluşturmaya


İki LSTM katmanı oluşturuyoruz ilki giriş katmanı çıkışı 64 kendinden sonra yine bir LSTM katmanına bağlanacağından return_sequence  değişkenine True değerini veriyoruz.
LSTM katmanı sonrasında  0.2 lik bir Dropout katmanı koyuyoruz. Dropout en basit ifade ile sistemin ezberlemesini önlemeye çalışan bir katmandır. biraz detay isterseniz daha önceki yazılarımda kısaca bahsetmiştim ordan bakabilirsiniz.

İkinci LSTM katmanının 32 çıkışı var yine peşine Dropout katmanı kondu. Perşinede Çıkış katmanı olarak normal bir YSA katmanı -Dense-  kullanıyoruz. Bir çıkış yani takip eden günün en yüksek sıcaklığı olduğundan çıkışı 1 .

model sınıfının summary fonksiyonu ile  modelimizin yapısını ve katmanların çıkış ebatlarını parametre sayılarını görebiliyoruz.



Bir katmanın girişi kendinden öncekinin çıkışı olduğunda girişleri göstermesine gerek olmuyor.

Eğitime başlatıyoruz. 



Eğitim sonunda  Test verisinden başlangıcını rastgele seçeceğimiz  100 adet veri seçiyoruz. Bu veri için  Gerçek değer. Tahmin edilen değer. Bir de sadece seçtiğimiz aralığın başlangıç değerini alıp ileriye doğru zincirleme tahmin hesaplattırarak  grafikler çizdiriyoruz.


Grafik den görüklerimizi yorumlayalım.
  • Tahmin ve gerçek değer arasında Müthiş bir sayısal yakınlık yok.
  • Sayısal doğruluk gibi bir bekleti bu tip bir zaman serisi için pekde mümkün değildi
  • Fakat Grafiklerdeki inişve çıkışlar parelellikler içeriyor.  Sequence learning kavramı hatırlayın
  • Zincirleme ileriye doğru tahmin ilk başta çalışsada sonrasında bir rakama sabitleniyor.
  • Bu da beklediğimiz bir durum bakınız  kaos teorisi

Ipython dosyasına ve veriye burdan ulaşabilirsiniz.

https://github.com/birolkuyumcu/high_temp_lstm

Bundan sonra tavsiyem,  ağın yapısı , parametreleri, hatta pencere ebatları ile oynayarak ne şekilde sonuçlara ulaşılabiliyor görmenizdir.

Eleştiri, öneri yada sorularınız olursa bekleriz...