Tıbbi görüntü İşleme ve ITK

Bir vesileyle Tıbbi görüntü İşlemeyle ilgili konulara bakınca gördümki. Tıbbi görünlülerin kendilerine has özel form ( DICOM mesela ) ve kullanımları var. Mesela bir tomografi aslında 3 boyutlu bir hacim ve gerektiğinde istenilen yerden kesit alınabilmesi gerekiyor. Bu durumda tek başına OpenCv ile birşeyler yapabilmek pek mümkün değil.

İşte ITK yani "Insight Toolkit" bu işler için yazılmış açık kaynak kodlu* cross-platform devasa bir kütüphane. Devasa diye boşuna demiyorum, kütüphaneyi derlemek saatler alıyor. Açık kaynak kodun Kodlaması C++ ile yapılmış. Lisans sistemi de BSD yani ticari uygulamalarınızda da rahatlıkla kullanabilirsiniz. Yalnız alıştığımız şekilde değilde CMake ile build sistemi oluşturulmuş. İlk başta biraz tuhaf gelsede biraz cebelleşerek proje dosyalarını oluşturmanız mümkün.

Kütüphanenin pekçok şeyi yapabiliyor olmasına rağmen görselleştirme ve Grafik Kullanıcı Arabirimi ile ilgili bir kısmı yok. ITK Görselleştirme için VTK yı öneriyor. Pek tabiiki GKA olarakda biz FLTK yı öneriyoruz. Ekran görüntüsünden de anlayabileceğiniz gibi. FLTK ile ITK 'yı kullanan ilk biz olmayacağız. ( unutmadan bir de vtkFLTK diye bir şey var ) Pek tabii ki matlab içinde birşeyler var MATITK

Kütüphane gerçekten çok büyük ve herhalde öğrenmek için epey bir emek ve zaman sarf etmek gerek. Yinede İlk fırsatta giriş niteliğinde bir örnek hazırlmak istiyorum**.


* Açık Kaynak Kodun önemini bir kez daha görüyoruz. Başka türlü nasıl 13 Milyon Dolarlık bir kütüphaneyi kullanmaya imkanınız olabilirdiki ?
** FannTool 1.0 ile uğraşıyorum bunun dışında yapacak işler çok zaman ve zemin yok tembellik had safhada kısmet artık...

GNU Octave bir MATLAB alternatifi

MATLAB programı malum, her konudaki araştırma projelerinde kullanılabilecek kapsamlı matematiksel modelleme ve görselleştirme araçları sağlıyor. Ayrıca C sözdizimine benzer kendi script dilini de içeriyor.

Bir de MATLAB’ a paralel geliştiren açık kaynak kodlu ve tamamen ücretsiz olan GNU Octave var. Daha evvelden belki duydunuz, belki de duymadınız, belki de bir türlü deneyemediniz. GNU Octave açık kaynak kodlu bir matematiksel analiz ve modelleme paketi. Sözdizimi olarak MATLAB ile uyumlu. Evveliyatı olmasına rağmen 1992 den beri tam zamanlı olarak geliştiriliyor.

Octave ana sayfası http://www.gnu.org/software/octave/

Matlab’ ın paketlerine paralel pek çok paketi de içinde bulunduruyor. Örneğin, Artificial Neural Networks, Audio, bioinfo, image processing, information theory, signal processing, finance, econometrics, …
Octave Paket listesi : http://octave.sourceforge.net/packages.html

Octave Forge sitesinden işletim sisteminize uygun paketleri indirip kurabilirsiniz.
Octave SourceForge : http://octave.sourceforge.net/

Mevcut son kararlı sürümü 3.0.5. Kendiniz derlemekle uğraşmak istemezseniz, hazır kurulum dosyalarını kullanabilirsiniz.

LINUX: Kaynak kodu kendiniz derlemek istemezsiniz, kullandığınız Linux dağılımının deposuna bir bakın. Ben Ubuntu kullanıyorum, apt-get ile kolayca kurabilirsiniz. Kurulu değil ise gnu-plot u da kurun.

WINDOWS: Kurulum dosyası versiyon 3.0.2. (Octave + Tüm paketler tek tıkla kuruluyor)

İndirmek için Link :

Internette çeşitli kaynaklarda 3.0.3. versiyonu kurulum dosyasını da bulabilirsiniz. Ben bu versiyonu kurdum. Ama bu kurulum yenilenecekmiş, bu yüzden şimdilik resmi depodan çıkarılmış. Son versiyon kurulumlar için ara ara yukarıdaki sayfaları takip edin. Kurulum gerçekten çok kolay.

GNU Octave elbette tam olarak MATLAB değil. Ancak özgür olan bu ortamda neler yapabileceğinize şaşıracaksınız.

Son olarak, Octave ı nasıl öğreneceksiniz. Tabii ki herhangi bir Matlab kitabından. Ayrıca Octave için yazılmış bir çok tutorial ve hatta basılı kitaplarda mevcut. Paket kullanımında Matlab ile farklılıklar olursa internet kaynaklarına bakabilirsiniz..

Blogun ruhuna uygun olarak, bundan sonraki yazida octave ile bir image processing örneği vermeye çalışacağım.

Yagi

Not: Altındaki imzadan da göreceğiniz gibi yazı bana ait değil. Bu yazıyla bir ilk de gerçekleşmiş oldu. Okurlarımızdan birinin yazısını yayınlamış olduk. Daha önce de Yabancı bir arkadaş tezini yollamışdı ve bizde yayınlamıştık. Yeniliklerimiz devam edecek - inşallah -