Cumartesi, Haziran 30, 2018

EKG Kalp Atışı Sınıflandırması 1

Giriş :


Malumunuz Kalp en hayati organlarımızdan biri.  Ölüm sebeplerinin başlıcalarından biride kalp krizi. EKG de kalbin gidişatını doktorlara gösteren temel bir test. Hatta kardiyolojiye gidip selam verseniz. EKG çektir derler. Konuyu dağıtmadan, teferruatlı bilgi için konunun uzmanlarına ulaşın. deyip geçelim.

Bizim konuyla ilgimiz, EKG verileri ile sınıflandırma çalışması yapılması konusunda. Çok popüler bir test ve önemli olması sebebiyle, internette pek çok veriye ulaşmanız mümkün. Biz burdaki çalışmamızda, Kaggle da Shayan Fazeli tarafından yayınlanmış olan "HeartBeat" veri kümesini kullanacağız.

Bu veri kümesi;
"ECG Heartbeat Classification: A Deep Transferable Representation"
Mohammad Kachuee, Shayan Fazeli, Majid Sarrafzadeh
University of California, Los Angeles (UCLA)
Los Angeles, USA
arXiv preprint arXiv:1805.00794 (2018)

çalışmada kullanılmıştır.
Normalde Bir EKG test sonucu

şeklinde görnür.  Bu makalede Bu tip EKG ölçümü alınıp, Temizlenip, kalp atımlarına ayrılıp standartlaştırılmıştır.

 
Bölünmüş ve normalize edilmiş kalp atım siyaline gerekiyorsa sonuna sıfırlar doldurularak - padding- stanart bir uzuluğa - 187 - getirilmiştir.
Bu kalp atım siyalinin etiket değeri olarak 5 seçenek var
['N', 'S', 'V', 'F', 'Q']

yukarda bahsettiğimiz makalenin tablo 1 de bu sınıfların açıklaması olarak



yazılmıştır.  Aslında bu verileri  the MIT-BIH Arrhythmia Dataset alıp dönüştürmüşler.  Biz hazır temizlenmiş ve düzenlenmiş olduğu için tercih ettik. Sağlık alanında pek çok değişik veriye bu siteden ulaşabilirsiniz.
https://physionet.org/physiobank/database/
Eğer sağlık alanındaki çalışmalara ilgi duyuyorsanız. Uygulama yapmak istiyor ve veri kümesi arıyorsanız. Yukardaki siteyi inceleminizi tavsiye ederiz.

Verimize geri dönersek, 187 lik bir vectör şeklinde kalp atım sinyalimiz var. Bu sinyalin 5 sınıf içinden hangisine ait olduğunu tahmin edecek bir sistem geliştirmemiz gerekiyor.

Kaggle dan veri dosyasını indirip bir dizine açıyoruz. Veri kümesinde iki farklı veri kümesi var. Biz mitbih ile başlayan 5 sınıflı "MIT-BIH Arrhythmia" isimli veri kümesini  kullanacağız.
"mitbih_train.csv"  : 188 sutunlu son sutun etiket değeri ve 87554  örnek içeriyor
"mitbih_test.csv"  : 188 sutunlu son sutun etiket değeri ve 21892  örnek içeriyor
Elimizdeki veri kümesi üzerinde değişik metodlarla çalışma yapmak istiyoruz. Bu çalışmaları takip eden yazılarımıza bırakıyoruz.
Şimdilik anlatacaklarımız bu kadar. Bayda uzamış, buraya kadar sabırla okuğunuz için teşekkürler . Her türlü görüş ve önerilerinizi bekleriz.

Hiç yorum yok: